Que es lo que pasa?

[flippy]

tu tienes ..

public class Rectangulo
{
private double altura;
private double base;

y en el main tienes..

r= new Rectangulo();
r.base= base;
r.altura= altura;
r.area= area;

base y altura son privados!! por lo tanto no puedes referenciarlos derectamente, o los haces publicos o haces metodos set y get..
y el atributo area no existe en rectangulo..