En realidad no desaparece. El problema es que estás llamando a la ventana
ventana1 todas las veces que ejecutás el método.
En todo caso podés pasar dos argumentos. Ej:
Código HTML:
ventanaSecundaria('archivo1.htm', 'nombre1')
Y llamás al método pasando dos argumentos a la función. De esta forma:
Código HTML:
function ventanaSecundaria (URL, nombre){
window.open(URL,nombre,"width=500,height=550,s crollbars=SI")
}