Queres que cuando se este instalando tu aplicacion el programa te pregunte donde queres instalar la bd o que ya estando instalada tu aplicacion al iniciarla por primera vez te pregunte donde mover la bd.
Porque lo primero no se puede hacer con el Asistente para empaquetado y distribucion que viene con VB; lo que podes hacer con ese asistente es especificar donde queres instalar cada componente de tu aplicacion (bd, dll's, etc), pero nada mas, te recomiendo que busques programas para crear asistentes de instalacion mas avanzados, como por ejemplo el
Windows Installer XML (WiX)
Lo Segundo es mas sencillo, porque solo tendrias que recoger la ruta a la que se movera la bd y ponerla en un txt, y cada vez que carge tu aplicacion leer el txt para establecer la conexion a la bd.
Saludos