PHP no suele, enfatizando suele, ser utilizado en aplicaciones empresariales por que el mantenimiento y la robustez suelen ser más complicados en PHP cuando la cosa se hace más grande. Es decir, las bondades de PHP de poder hacer las cosas rapido sin muchas preocupaciones se suelen volver un problema cuando hay mucho código.
Igual que las aplicaciones en JSP con codigo incrustado. No es tanto una cuestion de PHP o Java como de la arquitectura de programación empleada, y hay formas de hacer las cosas que no van bien cuando las cosas crecen.
O sea, no es que no se pueda hacer, es que no lo facilita.
De la misma forma que, al contrario, muchos Javeros a veces tendemos a hacer las cosas simples complicadas
