Bueno, en base a tu pregunta y a que veo que existe (y siempre existirá) bastante confusión en parte al MVC y como aplicarlo en un ambiente Web, he escrito un artículo que publiqué en
ZonaPHP hace instantes, donde intento aclarar un poco sobre las distintas capas, y como debería aplicarse al PHP. Hace tiempo que quería escribir sobre este tema, y me pareció un buen momento.
Ya publicaré próximamente, el código para un Controlador, una Capa de Presentación y ejemplos de lo objetos que se pueden encontrar en el Modelo. Por ahora, les dejo el link al artículo y espero sus comentarios del mismo por allí:
MVC sobre PHP - algunos conceptos http://www.zonaphp.com/articulo50.php