Me cachis a estas horas desvarío....
 
hubo algo que te lo pegué con el nombre que tengo puesto en mis pruebas. 
correccion; 
function mostrar()
{
alert(cont)
if(ver==0) {document.getElementById('banner').style.visibilit  y='hidden';ver=1}
else{document.getElementById('banner').style.visib  ility='visible';ver=0 }
cont++
imagen=window.setTimeout('mostrar()',5000)
if(cont==3){clearTimeout(imagen)}
} 
(puse alerta en lugar de imagen  

 ) 
A estas horas ya desvarío un poco  
