No estoy seguro de haberte entendido pero solo quieres recuperar el ultimo registro de un cliente determinado cierto, si es asi te puede ayudar esto:
Código PHP:
$consulta_cta = mysql_query("SELECT tabla2.ValorBase,tabla2.Saldo, MAX(DATE_FORMAT(tabla2.Fecha,'%e-%c-%Y')) AS fechaini,tabla2.Anulado FROM cli_clientes_deudas AS tabla2 WHERE tabla2.ClienteID='$id'") or die("No se pudo realizar la consulta a la Base de datos 2");
y tal vez seria bueno que los agrupes por cliente (GROUP BY)...
cya
