Depende de si los ficheros son mpg o avi, deberás usar un programa u otro. Para los avi, he usado VirtualDubMod, para los mpg el Tmpgenc. Uno muy simple que vale para ambos es uno llamado Easy Video Splitter.
Sólo tienes que abrir el archivo que quieres cortar, le marcas el nuevo punto de comienzo y final del video (ya recortando lo que quieres) y lo guardas como un archivo nuevo. Hay por ahí muchos manuales explicándolo, aunque no tiene ningún misterio, seguro que puedes hacerlo
