Necesitas instalar otro programa defragmentador para disco duro en el sistema, ya que el defragmentador incluído en 2000 y XP es muy "bobo" para eso
El que yo utilizo es O&O Defrag Profesional 8 (no he visto si ya hay disponible una versión más reciente). Seguro que hay más, pero es el que yo conozco.
EDITO: Para particionar, puedes utilizar Norton Partition Magic 8.05. Cuando éste hace el manejo de las particiones, automáticamente mueve los datos en la partición que está siendo modificada para que "no estorben" al proceso del cambio, sin importar en qué lugar están almacenados.
Bye..