con myIsam puedes relacionarlas tablas, solo que no se cumplen todas las propiedades de una llave foranea (foreign key), si quieres que funcione innodb debes configurar el archivo my.ini o my.cfg si no me equivoco y ahi debes descomentar una linea que dice:
skip-innodb
te dejo mas informacion en este articulo que esta mas explicado sobre como activar las tablas innodb de mysql, cya
innodb configuracion