Hey, gracias por la respuesta santiagosky. Encontré el fallo y es tan simple como no me lo pude haber imaginado:
Los discos duros Western Digital no requieren de ningún Jumper cuando van a estar solos en un canal IDE, y yo no me percaté y puse el jumper configurándolo como "Master with Slave present". Quitar el Jumper fue la solución total al problema.
Mith, deberías incluir esto en la FAQ:
¿Por qué mi PC tarda al arrancar y parece que no hace nada?
Quizás alguna tarjeta PCI esté dañada, prueba quitándolas todas y checando una a una para detectar el fallo.
La memoria RAM puede estar fallando, intente verificarla con algún programa como MemTest (si tiene oportunidad pruebe con otra RAM).
El orden del Booteo retrasa el inicio, configure al Disco Duro en primer lugar.
Los jumpers pueden estar mal colocados, revise que no sea así.
Vaya solución tan simple.
Pido disculpas por tan tremendo descuido.