que sentencia estas utilizando para la importacion...........por favor se un poco mas especifico para poder ayudarte............
Por otra parte intenta con la sentencia LOAD DATA:
EJ:
Código PHP:
load data infile "tuArchivo.txt" into table tu_tabla
fields terminated by ","
Donde fields terminated by "," se refiere al tipo de separador que utilizas en tu archivo plano........si no utilizas comas sino tabulador entonces coloca
FIELDS TERMINATADES BY "\t"....
Espero te sirva...............suerte.................