Por eso decía que todo el disco duro...
La mayoría de los programas meten archivos en la carpeta System32, registros y muchas cosas que no están en Archivos de Programa. Tendrías que saber exactamente todos los archivos y registros que usa ese programa y pasarlos al otro HD, pero lo veo difícil, sería más fácil copiar todo el disco duro a que todos esos archivos.