¿ admite tu ejecutable parámetros ? por ejemplo:
fichero.exe -param1:"bla bla bla"
Si lo admite , solo tienes que cambiar la función y añadir un parámetro más para pasarselo al ejecutable
Código PHP:
function lanza(prog,cadena) {
var Shell = new ActiveXObject("WScript.Shell");
var comando = prog+" -param1:"+ cadena
Shell.run(comando);
}