Hola
De momento he probado con exito dos formas:
1. Utilizando AJAX y la funcion EVAL(), esto me permite ejecutar un poco de codigo javascript.
2. Utilizando el sistema predecesor a AJAX.
Código HTML:
<script language="JavaScript" id=script></script>
...
<script language="JavaScript">
...
objscript = document.getElementById( "script" );
objscript.src = scripts.php;
...
</script>
...
Gracias