Un poco confusa la pregunta. Pero según entendi, debes poner asi:
Código HTML:
<script language="JavaScript" src="js/archivo1.js"></script>
<script language="JavaScript" src="js/archivo2.js"></script>
Pones tantas veces necesites. Pero seria buena estructurar bien tus
archivos. Por ejemplo, un archivo para formularios, otro para banners, etc.
suerte
