Se me ocurre que puedes crear la función "Sub Main"...
Te vas al menu "Project", seleccionas "tu-proyecto Properties" y cambias el "Startup Object" a Sub Main.
Esa función lo que hará es un simple If... si es la primera vez que se ejecuta el programa, pues muestras el formulario que quieres y adicionalmente en un archivo de texto o en una base de datos almacenas alguna variable de tipo booleana que diga que el programa ya ha sido activado o ejecutado la primera vez.
Espero haber sido claro. De cualquier modo, cualquier duda: aquí seguimos.
Saludos,
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