En SQL de Mysql tienes funciones para trabajar con fechas:
SELECT HOUR(fecha_fin)-HOUR(fecha_origen) AS diferencia FROM tabla WHERE condiciones
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/...functions.html
No sé si con eso te sobrará .. (pues el formato de diferencia horaria es de 24 horas .. ) .. En tal caso tienes todas las funciones de SQL sobre fechas en el link que te dejé.
Un saludo,