No creo que necesites crear un escritorio. Basta con que uses un manejador de ventanas liviano (por ejemplo,
HackedBox) y crees un pequeño programa gráfico que se lance al inicio (puedes usar Zenity o Kommander para crear los diálogos; o si quieres algo más elaborado, puedes usar PyGTK o PyQt).
Incluso los manejadores de ventana de Gnome y KDE (metacity y kwin, respectivamente) son livianos; has la prueba de iniciar en modo "failsafe" o "a prueba de fallos" y ejecuta sólo el manejador de ventanas.