De Cool Edit (si mal no recuerdo, quedó en la versión 2.2), existe ya con nuevo nombre, dada su adquisición por Adobe. Esta se llama ahora Audition, y de versión, inició con la 1.5, y ya actualmente está recién liberada la 2.0.
Este y otros editores puedes utilizar para abrir, juntar y guardar todas las pistas de cualquier pista de audio en un sólo track.
Otra opción es que utilices un ripeador de CD (el que yo utilizo es Easy CD-DA Extractor 9.0.1 build 1).
Con éste segundo, hay una opción que te permite, aparte de convertir formatos de archivo, fusionarlos en una pista única, y ésto sin tener que abrir todas y cada una de las pistas del CD original con un editor de audio (el programa lo hace sólo).
