Bueno, como ya has de haber averiguado, eso no se puede hacer (aun que aqui mismo hay una discución que dice lo contrario), por cuestiones de seguridad.
Pero te puedo sugerir que replantees la forma de presentar tus paginas. Por ejemplo, dices que redireccionas a una pagina cuando abres otra. ¿por que mejor no abres la segunda y presentas una ventana popup con el contenido de la que quieres cerrar?
No se si tu aplicacionse preste a eso, pero normalmente no se puede cerra una ventana principal por medio de JavaScript.
Saludos
