El Inno Setup, te da un asistente para agregar los archivos necesarios para distribuir tu aplicacion, recorda que para distribuir aplicaciones de VB necesitas los rutime:
oleaut32.dll
msvbvm60.dll
olepro32.dll
asycfilt.dll
Y obviamente todos los activeX y las dll que utilice tu aplicacion. El asistente te da todas las opciones basicas para el Instalador (Setup): rutas de instalacion, archivos a registrar, etc.
El Script del Inno Setup, es para personalizar un poco mas las opciones del asistente, el Script no es dificil y la ayuda del programa esta bastante completa.
Personalmente el Inno Setup, jamas me ha fallado y es bastante simple de usar y esto que al igual que
EX3 tampoco lo he exprimido al maximo.
Saludos