Hola:
Todos podemos equivocarnos, incluso mi intención al escribir, es esperar que me corrijan cuando estoy equivocado...
Hay unas ventanas propias del explorer que se llaman modales y se crean con una orden: showModalDialog o algo similar (no estoy seguro porque al no ser estandar directamente no las uso)...
... y por la red se pueden encontrar otra especiales "chromless" que tienen un aspecto distinto en explorer y viéndolas con otros navegadores solo se ven popups normales.
Como verás, solo tengo la intención de ayudarte. Por cierto, de esa manera solo se puede usar una ventana (por el segundo parámetro del open)... como tu mismo dices, todo se puede parametrizar.
Saludos
