A ver, si te entendí bien, creo que una forma de hacer eso sería:
Código:
ds3.Merge(ds1.Tables["t1"].Clone());
ds3.Merge(ds2.Tables["t1"].Clone());
En el código mostrado se asume que los DataSet's ds1 y ds2 tienen una tabla con nombre "t1" (si tienen nombres diferentes, las columnas no se mezclarán en la tercera tabla "t1" del DataSet ds3).
En .net 2 podrías aplicar el método Merge directamente sobre la tercera tabla.
Saludos
PS. Siempre dale un vistazo a la documentación...