Hola:
Yo lo que hacia cuando tenia win98 hace ufff...y queria "reinstalar"...primero ingresaba a DOS (solo simbolo del sisitema) o boteeaba con un disco de DOS, y eliminaba desde DOS la carpeta C:\windows (esto porque al reinstalar no se sobreescribe el directorio c:\"windows" sino que para la reinstalacion se crea una carpeta c:\"windows000" o algo asi..)..por eso era que borraba el directorio windows.
luego ya tenia una copia de los cabs de win98 en el disco y solo ingresaba a a esa ubicacion c:\win98\instalar.exe... y eso era todo...al volver a instalar el sistema operativo no pasaba nada con mis archivos.
Despues de muchas pruebas, y con algo de experiencia reinstalando
opte por tener dos particiones "C y D" y colocar mis archivos mas importantes en la particion "D" (particion con mayor tamaño); porque generalmente los virus atacaban el directorio "C:\windows" , asi que cuando me topaba con algun virus molestoso formateaba solo la particion "C" e instalaba windows desde 0, por lo tanto mis datos en D permanecian intactos.
Slds.