Si estas en Linux en tu caso debian, puedes hacer un listado de los procesos y filtrar el contenido para que solo te muestre los procesos de MySql y ahi te dice donde se estan guardando los datos, seria algo asi:
Código:
//ejecutas esto en un shell
$ ps aux | grep mysql
//te saldra algo asi, y ves donde dice --datadir para ver donde se guarda
16504 0.0 0.1 4668 1156 pts/0 S 09:31 0:00 /bin/sh /usr/bin/mysqld_safe --datadir=/var/lib/mysql --pid-file=/var/lib/mysql/woodstock.pid
saludos, cya