En este caso lo habitual es programar una tarea/thread que periodicamente se ejecute y compruebe el estado de los procesos, independientemente de las JSP.
Puedes hacerte tu mismo un Thread que haga esas cosas, o utilizar un programador de tareas de los que ya hay hechos. Yo el que uso en casos similares es este:
http://www.opensymphony.com/quartz/
Suerte