No me ejecuta todos los resultados del select en jsp.

[daemon_free]

puedes tratar de hacer un paginado.
que tu consulta solamente devuelva una cantidad N de registros que puedas manejar y procesar sin problemas , despues cuando los muestres dejas un link para que se ejecute el mismo jsp pero que procese entonces los siguientes N registros y asi sucesivamente.

por otro lado si el resultado de el proceso de esos datos no varia entre cada llamado, es decir solamente cambia cuando varien los datos en la base de datos o de forma muy esporadica o no cambia nunca, podrias tratar de cachear ese resultado dejandolo en memoria asi la proxima vez que lo requieras no tienes q repetir el proceso ni extraer registros de la base de datos sino solamente sacarlo de la memoria y mostrarlo.

si no entiendes lo que quice decir dimelo , a ver si te lo puedo explicar de otra forma

saludos;