Bueno, prueba a escribirlo con mayúsculas (
fdisk /MBR) a ver si vale, porque otra cosa no se me ocurre. Aunque imagino que no, sólo para confirmarlo, ¿No estarás escribiendo el "
fdisk /mbr" con las comillas?
No entiendo por qué no te funciona, es la forma habitual de restaurar el cargador de arranque de Windows, como puedes ver
aquí.
Saludos.