Hola:
No entiendo la pregunta, pero te explico como interactúa un popup con la ventana que la abrió:
El popup reconoce a la página "abridora" como opener, así que si tienes una función que invierte en un formulario un checkbox:
function invertir() {
document.forms.form1.elCheckbox.checked = !document.forms.form1.elCheckbox.checked;
}
Llamamos desde el popup la función así:
opener.invertir()
Seguro que será un problema más complejo, así que tal vez sea mejor que lo detalles...
Saludos