Hola:
No se puede ninguna de las 2 cosas, pero tu primer caso podría funcionar si con php entregas al cliente un script "javascript" válido...
Si MiFuncionEnPHP(); tuviera por ejemplo algo así:
function MiFuncionEnPHP() {
echo "window.name = 'php'";
}
Tendría algo de sentido (muy poco sentido)
Saludos
