Mira en WHM la información DNS para el dominio:
DNS Functions -> Edit DNS Zone
Igual no te lo cambiado bien. Desde esa opción verás todas las entradas DNS y puedes quitar, añadir o modificar las existentes.
Revisa también lo que te dice.
http://dnsreport.com/tools/dnsreport...in=dominio.com
Te puede ayudar a diagnosticar el problema...