Eso depende de donde le digas al mod_perl donde tiene que trabajar.
En el siguiente fichero de configuración perl.conf del mod_perl (en Apache2), se indica que el directorio será /var/www/perl-scripts, pero que de forma abreviada le llamaremos /perl. Allí activamos mod_perl con el SetHandler.
Luego, para hacer referencia a los scripts puestos allí, en el URL también pondremos /perl/script.pl.
Las otras opciones es posible que sobren. Las tenía puestas del mod_perl 1.
Código:
Alias /perl/ /var/www/perl-scripts/
<Location /perl/>
SetHandler perl-script
PerlResponseHandler ModPerl::Registry
# PerlHandler ModPerl::Registry
Options +ExecCGI +Includes
</Location>