Por que no eliges un framework de desarrollo y te centras en el problema de desarrollo de tu proyecto, de la otra forma tendrás dos problemas:
1) Desarrollar un MVC sino has hecho ninguno te generará muchos quebraderos de cabea
2) Tu propio proyecto basado en tu MVC
Si tienes un fallo de codificación te será difícil saber si es en tu MVC o en tu proyecto especifico etc.
Te aconsejo que te mires frameworks. Te recomiendo Zend Framework o Symfony para PHP5 o PHPCake para PHP4.
Te dejo un enlace donde comparan los 10 más usados.
http://www.phpit.net/article/ten-dif...hp-frameworks/
Espero que te sirva