Hay por ahi varios softwares que controlan eso y algo mas.
Yo probé MotherBoard Monitor
http://mbm.livewiredev.com/
Tambien he oido hablar de SpeedFan
http://www.almico.com/speedfan.php
Y hasta es posible que tu placa base tenga algun programa de monitorizacion.
De todas formas, yo me apuesto un brazo que tienes que cambiar el ventilador.
El ruido que te hace al entrar en emule o con Juegos, es porque en esos momentos se calienta mas, y necesita de una mayor velocidad del ventilador.
Cambialo, sin pensartelo dos veces. Son unos euros de nada y en cambio si sobrecargas el micro de calor, lo acabaras asando y luego solo te servirá de llavero.