Hola:
Puedes probar esto. Tu JScrollPane con el JTable dentro por un lado. Hazte un JPanel con FlowLayout o GridLayout para tus botones. Otro similar para el filtro. El de FlowLayout será un JPanel estilo barra horizontal con botones. El de GridLayout puedes hacerlo para que quede estilo barra vertical de botones.
Al panel principal ponle un BorderLayout.
Añade el JScrollPanel al panel principal asi panel.add(scrollPane, BorderLayout.CENTER);
Añade la barra de botones horizontal arriba o abajo asi panel.add(barraHorizontal, BorderLayout.NORTH);
La barra de botones vertical a la derecha o izquierda, con BorderLayout.WEST.
Esto debería funcionar bien cuando redimensiones la ventana.
Si el resultado no es el que quieres, quizás tengas que meterte con un layout más complejo, como el
GridBagLayout.
En cuanto a reemplazar un panel por otro, siempre puedes quitar (remove) uno y poner el nuevo (add)
internalFrame.remove (panelPrincipal);
internalFrame.add (nuevoPanel);
Aunque no estén visibles, el panel que has retirado sigue existiendo en memoria y si te lo guardas en una variable, puedes volver a cambiar.
Se bueno