Tal vez lo mejor es que expongas los errores que se te presentaron, la mayorìa de ellos van a indicar muchas cosas que revisar o incluso van a desvelar restricciones que tendras que ver si podrás cambiar tu configuración de PHP o permisos de acceso a directorios por ejemplo.
Sólo te puedo comentar que el código que presentas es extremadamente "agresivo", ... acede directamente a archivos -clave- del sistema para gestionar usuarios .. eso es -altamente peligroso- por decir lo menos.
Tienes otras técnicas no tan "invasivas" para crear usuarios en tu sistema Linux .. usando
SUDO (para cambiarte al usuario que tenga permisos para ejecutar los comandos que necesites) y
exec() o funciones afines para ejecutar el comando exacto en tu sistema que necesites para crear usuarios o lo que corresponda.
Para que quieres crear usuarios en tu sistema? .. es para crear cuentas de e-mail por ejemplo? .. En ese caso hay mètodos menos invasivos todavìa .. pero involucran re-instalar tu servidor de correo para adaptarlo al uso de "cuentas/dominos virtuales" .. donde en ese caso los usuarios no son del "Sistema Operativo" como es lo màs simple de usar .. sino que están separados de este y quedan en Base de datos (Mysql por ejemplo) o archivos de texto plano ... Fáciles de acceder o gestionar comodamente con PHP por ejemplo ya que tu sólo creas "registros" en tus BBDD o similar .. nada más "invasivo" cara al S.O. que uses.
Un saludo,