Emmm... pero fdisk que no es para crear y borrar particiones?
Con format c: no se puede, porque el disket no te encuentra particiones con formatos NTFS y dependiendo de que SP tengas, el CD INSTALL no te instala el XP si no encuentra una partición en FAT32.
Antes yo hacía lo que tú, pero porque mi portátil no tiene CD-ROM y para cargar el CD con una unidad Xterna PCMCIA, tenía que bootear con un disket esa unidad. Entonces, el instalador del XP me alertaba de que, para que la instalación fuera más rápida, tenía que cargar un tal SmartDrive... creo que así se llamaba, y todo esto era un calvario. De por si, hacer que el CD-ROM Xterno booteara era un acontecimiento, y luego instalar el XP era otro, porque se tardaba un mundo en copiar los archivos (por falta del tal SmartDrive). Bueno, para evitarme esto, lo que hacía era primero instalar el Win95 y desde ahí hacer un UpGrade con el CD-ROM Xterno (me salía mucho mejor).
Si te sirve, yo tengo una aplicación para: crear, borrar y formatear particiones, booteando desde un par de floppys. Tengo el instalador de esos dos Floppys. Solo necesitarías tener: Una unidad de floppys, 2 floppys, un CD-ROM, el disco de XP, y un disco duro que formatear. Yo en lo personal, solo crearía la partición sin formatear, y con el Installer del XP booteo el PC y le doy formato a ese HDD.
La verdad no se si tenés dos HDD o solo es uno con dos particones. Sería bueno que el que usas como BackUp lo quites mientras realizas este proceso, y luego lo montes para tratar de salvar tus archivos borrados (eso si no has escrito de nuevo en él).
Saludos.