Cita: [...] y el resto sólo ven la no cifrada [...]
Eso puede ser porque la red cifrada no tenga visible su SSID. Comprueba eso.
(El equipo que vé las dos redes, podría verla por haberse conectado cuando tenía el SSID visible).
Cita: [...] si tengo todos los ordenadores conectados a la red en el mismo grupo de trabajo no se ven todos [...]
Para este caso... ¿tienes algún controlador de dominio?. Si no fuera el caso, comprueba que los equipos que no se ven tengan algún recurso compartido y al que tenga acceso la cuenta Invitado, o crea (en ese equipo) tantos usuarios como haya en tu red y dales derecho sobre ese recurso. También comprueba que no tengas por ahí ningún firewall dando la lata.
Saludos.