A cada checkbox debes definirle un atributo ID (el cual es único dentro del todo el documento). Puedes aprovechar de usar el mismo nombre (atributo NAME) de cada checkbox:
Código HTML:
<input type="checkbox" name="borrar_archivo1" id="borrar_archivo1" />
En tu función Javascript debes detectar el checkbox mediante el método getElementById(). Si no existe ejecutas un return, si existe se saltará el return y proseguirá con el resto del código:
Código:
function HabilitaCheck(numero){
var VarAdjunto_pre="Adjunto_pre"+numero;
var VarBorrar_archivo="borrar_archivo"+numero;
if(!document.getElementById(VarBorrar_archivo)){
return;
}
// aqui sigue el resto del código
if(bla blabla...