Una relación puede tener tantos índices como queramos, incluso más que el número de campos, ya que podemos hacer íncides que involucren a varios campos. Aun así lo que realmente influye en la velocidad de una consulta es realmente la consulta en sí, en lugar de productos cartesianos, utilizariamos productos naturales, y por otro lado hay muchos otros aspectos que influyen en la velocidad de la consulta puesto que podemos realizarla de muy diversas formas: consultas anidadas, productos naturales, divisiones, utilizando operadores de conjuntos (union, inserccion, ect).
Te aconsejo que mires bien las consultas que te tardan más tiempos y las modifiques hasta conseguir un buen rendimiento
Saludos.