Hola Rocket!
El primer código tiene que funcionar perfecto en IExplorer sin necesidad de agregar el segundo código en la página que se abre en la pop-up.
Si no funciona, la única razón que puede haber es que el IE esté bloqueando el script por seguridad (esas cosas que hace IE).
Fíjate aquí:
http://www.cmzk.com.ar/fso/forosdelw...87-PopUp/1.htm
Saludos!