prueba con esto
Código PHP:
SELECT
dk_shop_productos.id,
dk_shop_cat.nom,
dk_shop_productos.cat,
dk_shop_productos.ref,
dk_shop_productos.price,
shop_producto_desc_short(dk_shop_productos.id) AS DESCRITION
FROM
dk_shop_productos
INNER JOIN dk_shop_productos_descrip ON (dk_shop_productos.id = dk_shop_productos_descrip.prd)
INNER JOIN dk_shop_cat ON (dk_shop_productos.cat = dk_shop_cat.id)
WHERE
dk_shop_productos.cat=3
AND (dk_shop_productos_descrip.atrib=1 AND dk_shop_productos_descrip.item=3250)
OR (dk_shop_productos_descrip.atrib=9 AND dk_shop_productos_descrip.item=3251)
GROUP BY dk_shop_productos_descrip.prd
tu problema esta en que esta pidiendo que dk_shop_productos_descrip.atrib sea igual a 1 y tambien igual a 9 esto nunca va a suceder porque o es uno o es nueve pero no los dos y lo mismo pasa con dk_shop_productos_descrip.item o es 3250 o 3251.
saludos.
espero y sea de ayuda.