Hay cosas en tu lógica que no me parecen bien, pero tu problema es que seguramente tenes un error que no estas viendo. Intenta con el siguiente código y contanos si te funcione, y en caso de no hacerlo si tenes un error en pantalla.
Código PHP:
<html>
<head>
<?
include ('../Conectar.php');
$Cod = isset( $_GET["Cod"] ) ?intval( $_GET["Cod"] ) : 0 ;
$sql = "SELECT Marca FROM marcas WHERE IdMarca='$Cod'";
$r = mysql_query( $sql ) or die ( mysql_error() );
$datos = mysql_fetch_array( $r );
mysql_free_result( $r ) ;
?>
<title><?=$datos["Marca"]?></title>
</head>
<body>
<?
$Marca = $datos["Marca"];
$Ruta = $Marca.".php";
include ($Ruta); #Esto puede producir errores en tu aplicación, al menos usa un if(file_exist($Ruta) && !is_dir($Ruta))
?>
</body>
</html>