Si te deja los discos prácticamente como están, es probable que los discos estén bien prácticamente como están...
¿o es que te hace ilusión que revuelva el disco, haga o no haga falta? ¿estás experimentando algún problema como están? ¿sabías que NTFS no es muy delicado en cuanto a la desfragmentación, y que la diferencia en rendimiento entre un disco desfragmentado al máximo o sin desfragmentar es prácticamente imperceptible?
Lo único importante es tener desfragmentado el registro. Prueba con cosas como pagedefrag (
http://www.sysinternals.com/Utilities/PageDefrag.html) o NTregopt (
http://www.larshederer.homepage.t-online.de/erunt)