Se tiene que desfragmentar los discos SOLO cuando sea necesario, tener en cuenta que la operación que ejecuta requiere de un uso intensivo del disco, esto hace que la vida de los mismos se acorte, así que usar esta herramienta solo cuando sea imprescindible.
Luego, si optas por uno gratuito, puedes mirar
este aunque refiriendose a una herramienta tan importante, yo aquí si que invertiria en ella con uno como PerfectDisk, que es mucho mas rápido que el de Windows y deja los discos en buen estado.
Un saludo.