Hola!
en principio no debes de tener ningun problema. lo q no podras abrir tu BD en el servidor, pero PHP si q puede acceder, via ODBC, por ejemplo!
lo q tendras q hacer es modificar las rutas donde esta la BD y cosas asi...
En ese servidor Linux, tienes instalado apache + php?
nos podrias dar alguna pista mas para q te podamos ayudar!
saludos