tu quieres justificar .NET no? por lo tanto sólo voy hablar de .NET.
- Microsoft tiene la mayoría del mercado por lo tanto hallar soporte sobre productos MS es mucho más fácil, y al final resulta más barato. Te recomiendo que busques cifras sobre que tanto mercado tiene Microsoft en tu país o a nivel mundial.
- Si dejas el código fuente, la empresa en un futuro pudiera requerir de algún cambio y te aseguro que sería más rápido encontrar a alguien que sepa .NET.
- La curva de aprendizaje de .NET es mucho más corta.
- Ahora la mayoría de la estaciones de trabajo usan Windows, por lo tanto lo mejor es usar .NET que es de la misma empresa y por lo tanto se integran a la perfección.
Saludes