Tanto IIS como Apache son "servidores HTTP" .. que pretenden usar el puerto 80 (ambos y por defecto así salen configurados).
Si quieres ejecutar ambos servidores HTTP a la vez, alguno de los dos tendrá que correr en otro puerto diferente al otro.
Esto implicará que si bien ahora para acceder al contenido servido por tu IIS usas:
http://localhost
Si cambias el puerto .. tendrás que acceder tipo:
http://localhost:8080
o el que indiques. Como veras .. si tienes en tu aplicación "lnks" que apunten a tu URL en forma absoluta .. tendras que cambiar ese código para las pruebas en "tu casa".
Creo que lo más -sano- es ejecutar un sólo servidor HTTP a la vez y listo. NO instales ni Apache ni IIS como "servicio" y ejecutalo "a mano" cuando lo uses realmente.
Un saludo,