En realidad lo que haces es usar la "consola de Mysql" .. dá igual si instalastes PHP con un paquete como "XAMPP" .. e incluso si usas windows como S.O. para ejecutar Msyql o bien Linux ...
Lo que sería recomendable es que uses algún GUI (Graphical user interface) para Msyql .. tienes muchos en la red (de pago y gratuitos) y para vários sistemas operativos. De hecho no es necesario que los instales en el "servidor" este tipo de GUI's ... puedes tener tu servidor con Msyql en el S.O. que gustes y dede un "cliente windows" ejecutar algún GUI como por ejemplo "Navicat" (
www.navicat.com) .. Eso sí, tendrás que configurar un usuario con permisos de acceso remoto al host que indiques al menos para que puedas usar esta modalidad.
(Yo por lo menos así lo uso me conecto a várias máquinas con diferentes S.O. que corren Mysql .. todo bajo una interface y un mismo GUI ...)
Por cierto .. el tal "WOS portable" instala "PHPMyAdmin" que es un GUI escrito en PHP para administrar tu BBDD Msyql. No sé donde realmente lo dejará instalado .. tal vez accesible por:
http://localhost/PHPMyAdmin .. no sé .. tendrás que revisar su documentación.
PD: por qué no instalas PHP+Mysql+Apache+etc . en forma manual y así de una vez aprendes a "diferenciar" y ver claramente lo que instalas: un servidro HTTP, uno de Base de datos (Mysql) .. un interprete de un lenguaje del lado del servidor (PHP) .. etc. Creo que te irá mejor .. Y de ahí a usar GUI's como te comenté para facilitarte la administración de tus servidores Mysql.
Un saludo,